ファイル転送ソフト「FFFTP」は、無料で簡単にホームページのデータをアップロードできます。
デスクトップ上のこのアイコンをダブルクリックして、
あらかじめ設定済みのホストを選択し、「接続」をクリック。
すると、
下のように、左側がパソコンのフォルダ、右側がインターネット上のフォルダとなります。
左側に表示されている、パソコン上のファイル＆フォルダを全てインターネット上にアップロードするには、
①（一番上）のフォルダ（またはファイル）をクリックし、キーボードの「Shift」キーを押しながら、②（一番下）のファイル（またはフォルダ）をクリックすると、全てのファイル＆フォルダを選択した状態になります。
その状態で、マウスで左側から右側へドラッグ＆ドロップします。
上のようなウインドウが表示されるので、「以降全て」をクリックすれば、同じファイル名があれば上書して、全てのデータをアップロードする事になります。
以後は、新しく更新したファイル（またはフォルダ）だけを選んで、アップロードしてもOKです。
参考：FC2WEBマニュアル